La Federación tiene carácter abierto, pudiendo integrarse en la misma como miembros de pleno derecho, previa aprobación según los cauces previstos en sus estatutos, cuantas organizaciones lo soliciten siempre que carezcan de ánimo de lucro, tengan como misión la defensa de los derechos y la mejora de la calidad de vida de las personas con discapacidad intelectual y de sus familias, ejerzan sus actividades en el territorio de la Comunidad Autónoma de Madrid, y compartan los valores del movimiento FEAPS.

La Federación se regirá por el sistema de autogobierno con arreglo a los principios democrático y de representación, a través de los siguientes órganos:

• De Gobierno:
  
  - Asamblea General : es el máximo órgano de Gobierno de FEAPS MADRID y está integrada por todas y cada una de las entidades miembro.
  
  - Junta Directiva: es el órgano de gobierno de la Federación encargado de llevar a efecto la política de acción decidida por la Asamblea General, así como establecer las estrategias para su mejor consecución. Está formada por 10 personas elegidas por la Asamblea General
  
  - Conferencia de Presidentes: Está formada por todos los presidentes de las entidades miembro y corresponde su convocatoria al Presidente de la Organización, bien a iniciativa propia, o a solicitud de al menos un tercio de los miembros numerarios. Analizan asuntos de interés común y adoptan criterios de conjunto. Es también de su competencia el proveer recomendaciones a otros órganos de la Organización e intercambiar experiencias dirigidas a optimizar la comunicación tanto interna como externa.   
• De Gestión:
  
  - Director Gerente: Coordina y administra los esfuerzos de los órganos de participación así como del equipo profesional de la Federación
  
   
• De Participación:
  
  - Equipo de gerentes : es un órgano de carácter consultivo y asesor de la Gerencia de FEAPS MADRID. Está constituido por 15 gerentes de las entidades federadas y su vinculación a este órgano es voluntaria
  
  - UDS: son equipos que se reúnen periódicamente para reflexionar, debatir y realizar propuestas en torno a las necesidades de las personas con discapacidad intelectual o de sus familias. Participan profesionales, técnicos y, en algunos casos, familias. Aproximadamente 100 personas forman parte de estos equipos. Estas son las Unidades de Desarrollo Sectorial con que cuenta FEAPS MADRID:
  • Atención comunitaria
  • Atención de día
  • Atención temprana
  • Educación
  • Familia
  • Empleo y promoción laboral
  • Asociacionismo y no atendidos
  • Vivienda.
     
• Consultivo:

- Consejo Asesor: Estará formado por un máximo de 20 miembros. Serán miembros natos las personas que hayan ostentado anteriormente la presidencia de FEAPS MADRID. Una tercera parte de sus miembros serán nombrados por Asamblea General y el resto por Junta Directiva. Se reunirá al menos dos veces al año y tendrán como fin asesorar a la Junta en aquellos asuntos que ésta someta a su estudio y reflexión.